Krajowe Centrum jest beneficjentem trzech typów programów wspólnotowych:

• Fundusze strukturalne 2007-2013, Program Operacyjny „KAPITAŁ LUDZKI”

• Transition Facility

• Program Ogólny „Prawa podstawowe i sprawiedliwość” 2007-2013, Programy ramowe:
  • Criminal Justice
  • Civil Justice

Obsługą oraz realizacją szkoleń finansowanych z funduszy strukturalnych w ramach programu „Kapitał Ludzki” oraz programu wspólnotowego „Transition Facility” zajmuje się specjalnie powołany do tego celu zespół ds. funduszy unijnych. Projekty szkoleniowe w ramach programów „Wymiar Sprawiedliwości w sprawach karnych” (Criminal Justice) oraz „Wymiar Sprawiedliwości w sprawach cywilnych” (Civil Justice) realizowane są przez pełnomocnika dyrektora KCS ds. koordynacji współpracy międzynarodowej i jego zespół.